Zum Krankenhaus gehören die Abteilungen Afsnit Syd und Afsnit Nord in Aalborg sowie das Krankenhaus Dronninglund Sygehus. Außerdem sind die Chirurgische Abteilung A in Hobro, die HNO-Abteilung und die Augenabteilung in Hjørring, die klinisch-chemischen Funktionen in Hobro und Farsø sowie die Dialyseabteilung in Hjørring ein Teil von Aalborg Sygehus.

Aalborg Sygehus nimmt hoch spezialisierte Aufgaben für den Landesteil und für ca. 640 000 Einwohner einschließlich Teilen der Region Mitteljütland, Regionsfunktionen für ca. 490 000 Einwohner sowie Aufgaben als Krankenhaus für die Grundversorgung wahr – abgesehen von ausgewählten elektiven Eingriffen für ca. 250 000 Einwohner.

Als das größte Krankenhaus der Region hat Aalborg Sygehus eine zentrale Rolle im kooperierenden nordjütländischen Gesundheitswesen, es profiliert sich jedoch auch auf nationaler und internationaler Ebene.